Η ENBIO Ε.Π.Ε. συμμετέχει σε διάφορα Εθνικά, Ευρωπαϊκά και προγράμματα του ΝΑΤΟ (σε συνεργασία με αναπτυσσόμενες χώρες όπως το Ουζμπεκιστάν, η Αλβανία και η Αίγυπτος) στους τομείς των Περιβαλλοντικών Βιοτεχνολογικών εφαρμογών (Επεξεργασία Υγρών Αποβλήτων) και των Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας (Βιοαιθανόλη, Παραγωγή Βιοαερίου και Υδρογόνου).
Κάποια από τα προγράμματα που συμμετέχει είναι:
Αύξηση της περιφερειακής ανταγωνιστικότητας και οικονομικής ανάπτυξης μέσω της έρευνας της τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας στη βιώσιμη διαχείριση των υδάτων SWAM project. Σχεδιασμός, Κατασκευή και Επίβλεψη καινοτόμου αντιδραστήρα SBR (κατοχυρωμένη πατενταρισμένη τεχνολογία) για χαμηλού κόστους απομάκρυνση ενώσεων του άνθρακα και του αζώτου από αστικά λύματα NATO Science for Peace and Security σε συνεργασία με Αλβανία και Αίγυπτο).
Καλλιέργεια halotolerant microalgae για την παραγωγή καροτένιων, γλυκερόλης και άλλων υψηλής προστιθέμενης αξίας ουσιών βιοτεχνολογικού ενδιαφέροντος (NATO Science for Peace and Security - συνεργασία με το Ουζμπεκιστάν).
Βιώσιμη διαχείριση υγρών αποβλήτων ελαιοτριβείου με έμφαση στην εκμετάλλευση των παραπροϊόντων (Συμμετοχή στη δημιουργία και ανάπτυξη του προγράμματος Περιφερειακοί Πόλοι Καινοτομίας Δυτικής Ελλάδας.
Παραγωγή βιοαιθανόλης μέσω της ζύμωσης λιγνοκυτταρινούχων υπολειμμάτων αποβλήτων ελαιοτριβείου (Programme "Research for SMEs").
Συμμετοχή στο πρόγραμμα Waste4Think στο πλαίσιο του Horizon 2020 για την ενεργειακή εκμετάλλευση των οργανικών αποβλήτων του Δήμου Χαλανδρίου (Waste4Think).